Une chapelle existe avant la révolution sur la route d’Empeaux, près des terres détenues par les prêtes de Saint-Nicolas de Toulouse. Cet édifice est mal connu mais un culte fervent à la vie agricole pour l’abondance des céréales et vignes, y est rendu à Notre-Dame-de-Pitié par les paroissiens de Bragayrac, Empeaux et de Saint-Thomas.

En 1852, l’abbé Bonnal reconstruit un petit édifice remplacé par la chapelle actuelle (de 1873 à 1881).

L’abbé Jean Bernard Mathieu est à l’origine de cette initiative. Né à Renneville en 1836, il meurt à Saint-Sulpice en 1916.
Passionné de grands travaux, il est curé de Saint-Thomas de 1871 à 1881.